O Inca Tupac Yupanqui governou o Império entre 1471 e 1493. Este grande conquistador levou a fronteira meridional até o norte do Chile e na costa, conseguiu dominar o poderoso reino Chimú. Para derrotá-lo ele teve que cortar os aquedutos que abasteciam água potável da serra.

Este inca fracassou na sua tentativa de dominar a selva amazônica, pelo qual havia mandado construir fortificações nas gargantas que desciam até ela, a fim de evitar possíveis invasões.

A morte de Tupac Yupanqui em 1493 foi causada por uma luta entre suas mulheres, para garantir a sucessão de seus filhos. Uma delas o envenenou, ocasionando uma guerra civil com várias complicações. Finalmente Huayna Capac, o filho designado pelo próprio falecido inca, se impôs. Assim começou o período em que o Tahuantisuyo chegou a sua máxima extensão, apesar de que para alcançá-la teve que enfrentar o seu fim.

Huayna Capac estava no meio de uma de suas campanhas de conquista quando subitamente adoeceu e morreu em 1527. Apesar de ter tomado suas providências para eleger o seu filho como seu sucessor, este também morreu.

Foram propostos dois sucessores irmãos, Huascar, avalizado pela aristocracia de Cuzco e Atahualpa, apoiado pelas tropas militares. Assim se instalou a guerra civil de maior fúria na história do império, que se desenvolveu entre 1428 e 1532. Finalmente Huascar foi derrotado e assassinado. Atahualpa, por outro lado, foi apressado pelos espanhóis que haviam se aliado aos povos inimigos dos incas para conquistá-los.