Reinhard Heydrich, um dos principais arquitetos do Holocausto, reportava-se diretamente a Hitler. Ele presidiu a infame Conferência de Wandsee, que aprovou a deportação de judeus para campos de extermínio. Heydrich dedicou-se à construção da Solução Final com grande vigor e foi responsável pelo desaparecimento de críticos do Reich sem deixar rastros – uma política conhecida como “Fogo e Neblina”. Depois, tornou-se “protetor” dos territórios ocupados tchecos da Morávia e Boêmia, que governou com mão de ferro. Heydric organizou execuções em massa e deportações de judeus, e suas atrocidades chamaram a atenção dos Aliados logo no início da guerra.

Em Londres, o governo britânico incentivou o governo tchecoslovaco no exílio (Prozatímní státní zřízení) a tramar o assassinato de Heydrich. Sua morte certamente traria retaliações, mas tanto britânicos como tchecos acreditavam que valia a pena pagar este preço. Dois homens especialmente treinados pelas Forças Especiais britânicas, Jan Kubiš and Jozef Gabčík, foram escolhidos para a operação. Depois do treinamento, eles saltaram de paraquedas de um avião Halifax do Esquadrão 138 da RAF.

Os hábitos previsíveis de Heydrich facilitaram sua localização – apesar de o assassinato ter exigido muito planejamento. Em 27 de maio de 1942, Heydrich devia comparecer a um encontro com Hitler em Berlim. Ele teria de atravessar um trecho onde a estrada que ligava Praga a Dresden se fundia com outra estrada que levava à Ponte Troja. Aquela intersecção era um local perfeito para o ataque, porque o carro de Heydrich teria de desacelerar para fazer uma curva fechada. O ataque foi então agendado para 27 de maio. Naquela data, Heydrich foi emboscado enquanto viajava em seu carro conversível no subúrbio de Kobylisy, nos arredores de Praga. Quando o carro desacelerou para fazer a curva, Gabčík tentou atirar com sua submetralhadora Sten, mas a arma falhou. No mesmo instante, em vez de ordenar que o motorista fugisse, Heydrich mandou parar o carro para enfrentar os dois atacantes. Kubiš então imediatamente atirou uma bomba (uma mina anti-tanque) na parte traseira do carro. A explosão feriu Heydrich e também o próprio Kubiš. Quando a fumaça se dispersou, dizem que Heydrich emergiu dos destroços e, com sua arma ainda em punho, perseguiu Kubiš para revidar. Ao menos um relato afirma que sua pistola não estava carregada. Ferido, ele correu até perder as forças e então ordenou que seu motorista, Klein, perseguisse Gabčík a pé. No tiroteiro que se seguiu, Gabčík atirou na perna de Klein e escapou. Heydrich não parecia ter se ferido gravamente.

Outra versão sugere que uma mulher tcheca ajudou Heydrich fazendo sinais para um caminhão parar. Primeiro, Heydrich foi colocado no banco traseiro, mas depois de reclamar que o movimento do caminhão lhe causava dor, ele foi colocado na parte de trás do caminhão, de barriga para baixo, e levado ao hospital Bulovka. Ele sofreu um ferimento grave na parte esquerda do corpo, com danos extensos no diafragma, baço e pulmões, além de uma costela quebrada. Os médicos imediatamente fizeram uma cirurgia e, apesar de uma leve febre, sua recuperação parecia certa. Depois da visita de Himmler, Heydrich entrou em coma e nunca mais recobrou a consciência. Ele teria morrido às 4:30 da manhã do dia 4 de junho, aos 38 anos. Segundo a autópsia, Heydrich morreu de septicemia. Como os Aliados temiam, as represálias de Hitler foram brutais. Mais de 13 mil tchecos foram mortos e deportados, e em duas vilas nos arredores de Praga, todos os homens com mais de 16 anos foram executados. As vilas então foram reduzidas a escombros.

Heydrich recebeu um grande funeral e foi enterrado em Berlim. Quando os Aliados ocuparam a cidade, seu túmulo foi deliberadamente removido e se perdeu após a construção do Muro. Entretanto, Heydrich continuou sendo uma figura mítica para o Terceiro Reich; pode-se argumentar que seu asssinato só alimentou este mito, e que teria sido melhor levá-lo aos tribunais. Existe uma vasta quantidade de materiais sobre Heydrich e o planejamento de seu assassinato.