Os caçadores eram membros do Quartel-General da Força Expedicionária Aliada (SHAEF, na sigla em inglês) e ficaram horrorizados com a brutalidade da ação. Foi o maior massacre de soldados norte-americanos na Segunda Guerra Mundial e causou grande comoção pública nos Estados Unidos.
A perseguição envolveu a análise de evidências e também uma complexa investigação em meio ao caos do final da Segunda Guerra Mundial. A maioria dos envolvidos estava em mãos aliadas – mas havia uma polêmica em torno de quem seria o responsável. Peiper trabalhava para o ex-guarda-costas de Hitler, Dietrich. No entanto, mais tarde determinou-se que Peiper havia ordenado a seus homens para não fazer prisioneiros, espalhando o terror entre as linhas inimigas durante a Batalha do Bulge. Portanto, o método foi essencialmente forense.
Os nazistas foram levados aos tribunais de forma muito tumultuada. Os investigadores foram acusados de espancar os réus, extraindo confissões falsas. Apesar de todos serem declarados culpados, os protestos contra os métodos da acusação foram tão intensos que nenhum deles foi condenado à morte. Em vez disso, foram para a prisão.
Peiper cumpriu sua pena e saiu da prisão em 1956.
Peiper então trabalhou para a Porsche – e depois para uma revendedora da Volskwagen. Entretanto, Peiper ficou amargurado pelo descaso com que foi tratado pelo governo alemão. Ele acreditava piamente que não seria preso e, desgostoso, foi morar na França, onde traduziu livros de guerra do inglês para o alemão, além de começar um livro sobre o massacre de Malmedy. Em 1976, o jornal comunista Humanite revelou a presença de Peiper na França e seu endereço. Em julho daquele mesmo ano, sua casa foi incendiada com Peiper dentro, certamente pelas mãos de antigos membros da Resistência.
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